El objetivo del Fonden es atender los efectos de Desastres Naturales, imprevisibles.
En 2021, la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) hizo oficial la desaparición del Fonden como fideicomiso. A partir de 2021, el presupuesto federal incluye una partida con ese nombre, misma que está sujeta a la transferencia directa de recursos de la SHCP y no es posible que se extienda durante varios ejercicios fiscales (plurianual), como antes sí ocurría.
El objetivo del Fonden es atender los efectos de Desastres Naturales, imprevisibles, cuya magnitud supere la capacidad financiera de respuesta de la dependencias y entidades paraestatales, así como de las entidades federativas.